定向培养军士的招生专业确实在招生简章中明确为电气自动化和机械自动化两个专业。如果在申报时发现可以选其他专业，可能是因为系统设置或操作界面显示所有专业供选择，但实际招生仍以简章为准。建议在填报时严格按照招生简章选择指定专业，并确认批次为专科提前批，避免误选。如有疑问，可直接联系新疆石河子职业技术学院招生办进行确认。