在北京招生专业组只有一个专业的情况下，如果考生选择服从分配，通常不会出现退档的情况。因为服从分配意味着考生同意被调剂到该专业组内的其他专业，而由于该专业组只有一个专业，实际上没有其他专业可供调剂。因此，只要考生的成绩达到了该专业的录取分数线，且体检等其他条件符合要求，就不会被退档。不过，具体情况还需参考新疆大学当年的招生章程和相关政策。