自动化卓越班和普通班的主要区别在于培养目标和课程设置。卓越班作为“卓越工程师教育培养计划”的一部分，旨在培养创新能力强、适应经济社会发展需要的高质量工程技术人才。这意味着卓越班可能会有更严格的选拔标准、更丰富的实践机会、更先进的课程内容以及更多的与企业合作的项目。而普通班则可能更侧重于基础知识的传授和一般技能的培养。至于教师资源，学校可能会为卓越班配备更有经验的教师或行业专家。关于分流培养，根据提供的信息，卓越班不会进行分流。