武汉工程大学的电气工程及其自动化专业中，职教师资班和普通班的主要区别在于培养目标和课程设置。职教师资班更侧重于培养具有教育教学能力的电气工程专业人才，适合未来希望从事职业教育或培训工作的学生。而普通班则更注重电气工程及其自动化领域的专业知识和技能培养，旨在培养工程技术人才。具体课程和培养方案的差异，建议直接咨询武汉工程大学的相关部门获取详细信息。