遵义医科大学的临床医学专业在本部新蒲校区和珠海校区都有开设，主要的区别可能在于校区的环境、教学资源、实习机会等方面。本部新蒲校区可能拥有更多的传统资源和更成熟的医学教育体系，而珠海校区可能提供更多与当地医疗机构合作的机会，以及不同的生活环境和文化体验。具体的课程设置和教学质量在两个校区应该是相同的，因为都属于同一所大学的同一专业。建议直接咨询学校招生办或访问官方网站获取更详细的校区差异信息。