根据广东省教育考试院的规定，非军检类的提前批专业报考确实安排在第二时段进行，即6月29日19:00至7月4日16:00。因此，上海海关学院的三个提前批次专业应在第二时段报考，而不是第一时段。建议您密切关注广东教育考试院的最新通知以获取最准确的信息。