根据教育招生政策，考生在志愿填报时可以选择同一所大学的多个不同专业组。因此，您可以在志愿填报时选择首都医科大学的两个不同专业组。建议在填报前仔细阅读当年的招生简章和相关政策，以确保符合所有要求。