根据您的情况，作为甘肃省物理类考生且外语为日语，您是可以报考工科类专业的。关于外语考试，确实可以使用日语代替英语进行报考。不过，具体还需参考您意向报考的陇东学院的相关招生政策，以确保完全符合要求。